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La tendencia creciente de la población invernal de la especie se puede atribuir a los efectos del cambio climático y al buen estado de los humedales. 

Los últimos censos de invernantes elaborados por la Consejería de Medio Ambiente y Ordenación del Territorio en el marco del Programa de Seguimiento de la Fauna Silvestre ha contabilizado la presencia de unos 250 ejemplares de cigüeña negra en Andalucía, lo que supone el 10% de la población migrante de Europa occidental. Esta cifra confirma la tendencia creciente en la región de la población invernal de esta especie en peligro de extinción, un incremento que se puede atribuir a los efectos del cambio climático. 

En Andalucía, la cigüeña negra se distribuye por las marismas, arrozales y barbechos de regadío de las márgenes de la desembocadura del Guadalquivir (85%), el parque natural Bahía de Cádiz, el valle del Guadalhoce (Málaga) y Marismas del Odiel (Huelva).

Según los resultados del seguimiento de la invernada realizado desde 2003 hasta ahora, la población de esta especie va aumentando anualmente en la región un 4,2% desde inicios de siglo, con un máximo de 412 individuos censados durante el invierno de 2011-2012. Cabe destacar que la evolución de esta población se ha comparado con la que migra tras la reproducción por el Estrecho de Gibraltar, que la Fundación Migres contabiliza cada año desde 2003 y cuyos resultados indican que solo crece un 2,9%, un incremento dos veces inferior al detectado en la población invernante española. Diversos estudios científicos demuestran que el censo de la cigüeña negra que migra por el Estrecho es un indicativo de la población reproductora de toda Europa occidental. 

El trabajo de seguimiento realizado por la Consejería confirma también que el ritmo y la tendencia de crecimiento es mayor en la invernada andaluza que en la migración. Esto supone que las cigüeñas negras pueden estar acotando sus viajes y asentándose durante la invernada en áreas cada vez más septentrionales en latitudes templadas, lo que podría estar relacionado con la mejora de las condiciones ambientales. 

En este sentido, las buenas condiciones ambientales y de conservación de los humedales atlánticos andaluces son fundamentales en la preservación de este especie amenazada al acoger cada vez más individuos invernantes. A ello hay que sumar que menos del 5% de las zonas adecuadas para la invernada en el Sahel están protegidas y sufriendo una elevada presión sobre los recursos hídricos que pueden afectar a la supervivencia de las cigüeñas y, por tanto, a su demografía en Europa.

No en vano, la gestión desarrollada por la Consejería en las principales áreas de asentamiento invernal de los humedales (Doñana, Brazo del Este, Bahía de Cádiz y Desembocadura del Gudalhorce ) está favoreciendo la conservación de las poblaciones europeas al incrementar las probabilidades de supervivencia de los individuos invernantes respecto a las zonas africanas por las ventajas del acortamiento de las rutas y la reducción de la mortalidad de la especie que se produce mayoritariamente en África. 

La cigüeña negra es una especie típicamente migradora que se reproduce en las masas forestales y se distribuye por toda Europa, sureste asiático y África.

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